使用者は賃金を清算しなければならないという法的義務はない。変形期間の全期間を勤務すれば、ちゃんと賃金の帳尻が合うように仕組まれているのだから、自己の責によらない事由で職場を離れるにしても、清算義務を負う契約を締結しないかぎり、清算しなくてさしつかえない。しかし、労働省の行政通達においては労使協定を締結して、清算を行うのが望ましいとされる（平6・3・11基発132号）。協定を締結すれば、当然のことだが協定どおりに実施しなければならない（平6・5・31基発331号）。そこで清算の方法である。まずもらいすぎについては、返却させるべきではあるまい。会社都合によることなので、その負担は会社が負うべきであると考える。もらいたりない場合について、平均時間より長い時間の期間を勤務した場合だが、この場合は、基本給の不足分を支給する。（手当は通常勤務者と同一額の場合）。
[おすすめサイトのご紹介]
リシテア勤怠管理システム
http://lysithea.jp/